Если документы на перерегистрацию повезет главбух и у него есть действующая общая доверенность на представление интересов компании во всех налоговых органах,  то она подойдет. То есть специальную доверенность можно не оформлять.

Запомним: необходимость пройти перерегистрацию касается всех ООО, созданных до 1 июля 2009 года. Не позднее 1 января 2010 года они должны привести свои учредительные документы в соответствие с новыми требованиями Федерального закона «Об обществах с ограниченной ответственностью».
Сотрудника наделяют правом подписывать счета-фащ ры или декларации
Еще одна распространенная ситуация: директор уполномочивает главбуха подписывать за него налоговую отчетность, счета-фактуры и «первичку». Для этого сначала нужно издать приказ о том, что полномочия подписания финансовых документов передаются такому-то сотруднику. Затем оформить и выдать ему доверенность.
При наличии правильно составленной доверенности главный бухгалтер сможет ставить подпись и за себя, и за гендиректора компании (п. 6 ст. 169 Налогового кодекса РФ).